Emmanuel Mermet a suivi des études d’économie à l’Université de Rouen (Maîtrise) avant de s’orienter sur les questions européennes avec un DEA (Master) « Espace économique et social européen » à l’Université de Lille 1 (1996), spécialisation en macroéconomie européenne. Il avait alors travaillé sur la naissance de l’Union économique et monétaire. Il a ensuite complété sa formation universitaire par un DESS en développement local à l’Université de Rouen (1997).
Après un stage au Parlement européen (1996), il a été chargé d’étude sur les questions économiques à l’Institut syndical européen à Bruxelles de 1998 à 2003. Dans cet institut de recherches de la Confédération européenne des syndicats, il a étudié la question des conséquences économiques de l’euro sur les négociations salariales et a participé au débat européen sur la coordination salariale. Il a publié des ouvrages sur la question de la formation des salaires en Europe et le suivi des négociations collectives. Ensuite, il a été Secrétaire confédéral à la CFDT (2003-2010) en charge des questions économiques. Il a ainsi suivi le Dialogue macroéconomique européen, ainsi que l’actualité économique française, européenne et internationale, notamment sur les questions de la gouvernance économique, de régulation des marchés financiers et de fiscalité.