Entré à la Commission européenne en 1986, Eneko Landaburu a été Directeur général de la politique régionale et de cohésion jusqu’en 2000, puis Directeur général en charge de l’élargissement, et à ce titre négociateur en chef avec les pays candidats à l’adhésion à l’Union européenne, jusqu’en 2003. Directeur général des relations extérieures jusqu’en septembre 2009. De 1993 à 2000 il fut membre du Conseil d’Administration de la Banque européenne d’investissement (BEI). Jusqu’au 15 septembre 2009,  Eneko Landabaru est directeur général de la DG Relations Extérieures de l’Union européenne. Il est ensuite de 2009 à 2013 ambassadeur, chef de la Délégation de l’Union européenne auprès du Royaume du Maroc.